Rapporten, Silenced, Expelled, Imprisoned: Repression of students and academics in Iran, redogör även för den utbredda diskrimineringen mot kvinnor och religiösa minoriteter.
Iranska universitet har länge uppfattats som en plantskola för opposition och de iranska myndigheterna har haft noll-tolerans mot såväl, studenter som lärare som uttryckt avvikande åsikter eller stöttat oppositionen.
- Myndigheterna har haft ett järngrepp över de akademiska institutionerna, bland annat genom att låta säkerhets-och underrättelsetjänsten ansvara för disciplinära åtgärder på universiteten. Det hårda greppet har lämnat lite utrymme för yttrande- och åsiktsfrihet.
Förtrycket hårdnade i efterdyningarna av valet 2005 då president Mahmoud Ahmadinejad valdes till president. Universitetskurserna islamiserades och skulle rensas från västerländskt och sekulärt inflytande. Under Ahmadinejads tid som president minskade andelen kvinnliga studenter stadigt, särskilda kvoter infördes och högre universitetsstudier i vissa ämnen, ansåg olämpliga och blockerades för kvinnor. Kurser fick inte innehålla referenser till internationella fördrag om kvinnors rättigheter.
Då den nye presidenten Hassan Rouhani tillträdde, för knappt ett år sedan, lättade förtrycket något, en del studenter och lärare som tidigare varit bannlysta fick återvända till universiteten, men situationen är fortsatt mycket allvarlig. Hundratals studenter hindras fortfarande från att återvända och många sitter kvar i fängelse och nya gripanden har gjorts.
Diskrimineringen mot kvinnliga studenter fortsätter med särskilda klädkoder, segregering på campus och restriktioner mot kvinnor gällande viss högre utbildning.
Myndigheterna och religiösa ledare skyller arbetslöshet bland män, ökande antal skilsmässor och sjunkande födelsetal på att kvinnor skaffar sig utbildning.
Men det är inte bara kvinnliga studenter som diskrimineras, även religiösa minoriteter som baha'ier drabbas och utestängs från universitet trots att de har klarat inträdesprov.
Massprotesterna som följde på det ifrågasatta presidentvalet 2009, då Ahmadinejad återvaldes, slogs ned med våld och räder utfördes på universitet och i studentkorridorer. Hundratals studenter greps misshandlades och fängslades. Många utsattes för svår tortyr och hölls länge fängslade utan rättegång. Andra dömdes till långa fängelsestraff och än idag, fem år senare sitter studenter kvar i fängelse. Dömda för att ha "spridit propaganda mot staten" eller för att ha "förolämpat den högste ledaren".
Den stora testen för den president Rouhani är om han är villig att släppa säkerhetsstyrkornas grepp om universiteten och låta dem bli det de är ämnade för; lärosäten som uppmanar till oberoende åsikter och yttrandefrihet, säger Hassiba Hadj Sahraoui, biträdande chef för Amnestys Mellanösternavdelning.