Rapporten, Absolute Impunity: Militia Rule in Iraq, innehåller upprörande vittnesmål om sekteristiska attacker, som har utförts av en allt starka shi'amilis i Bagdad, Samarra och Kirkuk, som hämndaktioner mot den väpnade gruppen IS, Islamiska Statens härjningar.
Mängder av oidentifierade kroppar har upptäckts över hela landet. Kropparna har varit bakbundna med handfängsel och i de flesta fall skjutits i huvudet, vilket tyder på att det rör sig om rena avrättningar.
- Genom att ge sin välsignelse till milisen, som rutinmässigt begår dessa avskyvärda övergrepp, sanktionerar den irakiska regeringen krigsförbrytelser och underblåser en farlig cykel av sekteristiskt våld som sliter sönder landet. Den irakiska regeringens stöd till milisen måste omedelbart upphöra, säger Donatella Rovera, Amnesty Internationals expert.
Vad som hänt med många av dem som förts bort av shi'amilisen är fortfarande okänt. Vissa har dödats trots att familjerna har betalat ut lösensummorna på 80 000 dollar eller mer för att få dem frigivna.
Salem, en 40-årig affärsman och niobarnsfar från Bagdad fördes bort i juli i år. Två veckor efter att familjen betalat 60 000 dollar till kidnapparna, hittades hans kropp på ett bårhus i Bagdad. Huvudet var krossat och hans händer var fastkedjade i handbojor.
Shi'amilisens allt större makt har kraftigt försämrat säkerhetsläget i landet och lett till ett klimat av laglöshet. En släkting till Salem berättar: "Jag har förlorat en son och vill inte förlora en till. Det finns inget som kan ge mig honom tillbaka och jag kan inte riskera mina andra barns liv. Vem står näst på tur. Det finns ingen rättssäkerhet inget skydd."
Bland de shi'itiska rebellgrupper som tros ligga bakom raden av kidnappningar och mord finns: Asa'ib Ahl al-Haq, Badr-brigaderna, Mahdiarmén och Kata'ib Hizbollah.
Dessa milisgrupper har blivit allt starkare och fått mer makt sedan den irakiska armén retirerade och lämnade närmare en tredjedel av landet i IS, den Islamiska Statens, våld.
De shi'amuslimska milisgrupperna uppgår till tiotusentals män, de bär militäruniformer men agerar helt utanför alla rättsliga ramar och utan de irakiska myndigheternas kontroll.
- Genom att inte hålla milismännen ansvariga för krigsförbrytelser och andra grova människorättsbrott har de irakiska myndigheterna gett dem fria tyglar att attackera sunnimuslimer. Den nye premiärministern Haider al-Abadis regering måste ingripa för att stoppa milisen och etablera en fungerande rättsstat, säger Donatella Rovera.
Den shi'itiska milisens attacker mot sunnimuslimer sker under sken av att bekämpa terrorism, i ett uppenbart försök att straffa sunnimuslimer för uppkomsten av IS och deras avskyvärda brott.
Vid en vägspärr norr om Bagdad hörde Amnestys utredningsteam en medlem av Asa'ib Ahl al-Haqmilisen säga: "Om vi fångar "hundarna" (sunniter) som kommer ner från Tikritområdet ska vi avrätta dem......De kommer till Bagdad för att utföra terrordåd, så vi måste ta kål på dem."
De irakiska säkerhetsstyrkorna begår också allvarliga brott mot mänskliga rättigheter. Amnesty har samlat bevis om tortyr och misshandel av fångar och tillfångatagna sunniter som dött i fängelse.
En 33-årig advokat och tvåbarnspappa avled i fängelset. Hans kropp var full av blåmärken, öppna sår och brännskador som sannolikt orsakats av eltortyr. En annan man som suttit fängslad i fem månader berättade hur han torterades med elchocker och hotades med våldtäkt innan han släpptes utan åtal.
- Den ena irakiska regeringen efter den andra har visat förakt för grundläggande mänskliga rättigheter. Den nya regeringen måste ändra kurs och inrätta effektiva mekanismer för att utreda övergrepp som begås av shi'amilis och de irakiska säkerhetsstyrkorna och ställa dem till svars, säger Donatella Rovera.
