Rapporten Left in the dark fokuserar på de luft- och natträder som utförts av amerikanska styrkor och deras specialstyrkor och konstaterar även att uppenbara krigsbrott inte har utretts eller lett till att ansvariga ställts till svars.
I rapporten uppmanar Amnesty den afghanska regeringen att se till att ansvar kan utkrävas i framtida bilaterala säkerhetsöverenskommelser med NATO och USA.
- Tusentals afghaner har dödats eller skadats av amerikanska styrkor sedan invasionen, men offren och deras familjer har princip inte några chanser till rättvisa och upprättelse. Det amerikanska militära rättssystemet klarar i princip aldrig av att hålla sina soldater ansvariga för olagligt dödande eller andra övergrepp, säger Richard Bennett, Amnesty Internationals Asienchef.
- Inget av de fall vi tittat på, som inbegriper över 140 civila dödsfall, ledde till att någon åtalades. Uppgifter om krigsbrott och olagligt dödande har till synes ignorerats.
Amnesty har genomfört noggranna utredningar av 10 incidenter som ägde rum mellan 2009 och 2013 där civila dog i amerikanska militäroperationer. I dessa incidenter har minst 140 civila dött, även gravida kvinnor och minst 50 barn. Amnesty har intervjuat ungefär 125 vittnen, offer och anhöriga, även många som inte avgett vittnesmål tidigare.
Qandi Agha, en före detta fånge hos amerikanska specialstyrkor 2012, berättade om den dagliga tortyr han var tvungen att utstå.
- Fyra personer slog mig med kablar. De band mina ben och slog på mina fotsulor med en träpinne. De slog mig i ansiktet och sparkade mig. De dunkade mitt huvud i golvet, berättade han och sa att de även de stoppade hans huvud i en vattentunna och gav honom elchocker.
Qandi Agha berättade att både amerikanska och afghanska styrkor deltog i tortyren. Han sa också att fyra av åtta medfångar dog. Qandi Agha blev själv vittne när en av dessa, Sayed Muhammed, dödades.
Formella utredningar av fall där civila dödats är extremt ovanliga. Amnesty känner bara till sex fall sedan 2009, där amerikansk militär har ställts inför rätta.
Enligt den internationella humanitära rätten (krigets lagar) innebär inte alla civila dödsfall krigsbrott. Däremot, om civila misstänks ha dödats avsiktligt eller urskillningslöst eller som del av en oproportionerlig attack kräver detta en omedelbar och grundlig utredning.
Av de vittnen, offer och anhöriga Amnesty pratade med uppgav bara två att de hade förhörts av amerikanska utredare. I många av de fall som tas upp i rapporten har USA och Nato sagt att en utredning ska genomföras men sedan inte släppt vidare information om framsteg eller slutsatser och lämnat offer och anhöriga ovetandes om vad som eventuellt pågår.
- Vi uppmanar den amerikanska militären att omedelbart utreda de fall som vi har dokumenterat, liksom alla andra händelser i vilka civila har dödats. Offren och deras anhöriga förtjänar rättvisa, säger Richard Bennett.
Det huvudsakliga hindret för offren och deras familjer är det mycket bristande amerikanska militära rättssystemet. Systemet styrs av militära befälhavare och bygger till stor del på soldaters egna rapporteringar av deras handlingar för att bedöma lagligheten i operationerna. Systemet har inga oberoende utredare eller åklagare och förlitar sig på att soldater och befälhavare själva rapporterar människorättskränkningar. Intressekonflikten är helt uppenbar.
I de få fall där åtal väcks finns en påtaglig oro för systemets pålitlighet. Det är extremt ovanligt att afghaner kallas som vitten.
- Det finns ett akut behov av att reformera USA:s militära rättssystem. USA bör ta lärdomar från andra länder som gjort framsteg med att omskapa militära rättsliga system till icke-militära, säger Richard Bennett.
Amnesty International uppmanar också den afghanska regeringen att omedelbart instifta egna rättsliga mekanismer för att i framtiden kunna utreda eventuella krigsbrott inom sin egen militär. Afghanska säkerhetsstyrkor kommer att ha fullt ansvar för säkerheten i landet vid årets slut.
