Ministeriet hävdar att majoriteten av de 54 organisationer som ingår i COMANGO (Coalition of Malaysian NGOs) är " icke-islamiska", att de saknar registrering och att de därför är olagliga.
Olagligförklaringen av COMANGO är en djupt oroande aktion i syfte att tysta viktiga kritiska röster som i internationella sammanhang har drivit kravet att Malaysia ska leva upp till folkrätten och internationella människorättsfördrag, säger Hazel Galang-Folli, Amnesty Internationals Malaysiaexpert.
COMANGO:s reagerade på åtgärden genom att hävda att genom att vara en koalition av olika frivilligorganisationer och inte en enskild organisation kan man inte vara bunden till kravet på registrering.
Koalitionen väckte regeringens ilska då de överlämnade en rapport i mars 2013 till FN då Malaysia skulle granskas av FN:s Universal Periodic Review, senare under året.
Rapporten pekade på en mängd områden där Malaysias myndigheter måste förbättra situationen för de mänskliga rättigheterna, bland dem religionsfrihet, åtgärder för att stoppa diskriminering av hbtqi- personer, rätten till yttrandefrihet, mötesfrihet och föreningsfrihet.
Amnesty International och andra frivilligorganisationer framförde liknande krav i sina rekommendationer till FN:s Människorättsråd.
Inrikesministeriets åtgärd verkar handla mindre om tvinga fram en registrering men mer om få bort en vagel i ögat på myndigheterna. Att stämpla människorättsgrupper som"illegala" ökar bara på den redan långa listan över människorättskränkningar som Malaysias myndigheter behöver åtgärda, vilket också FN:s översyn visade, säger Galang-Folli.
Bristen på religionsfrihet var en av huvudpunkterna som diskuterades under granskningen av Malaysia, och flera stater framförde synpunkter och gav rekommendationer. En representant för Malaysias regering försvarade inskränkningarna i religionsfriheten med att de var nödvändiga för den allmänna ordningen.
Även om befolkningen i Malaysia tillhör olika religioner, fastställer konstitutionen att islam är landets officiella religionen, mer än 60 procent av befolkningen är muslimer. Men landets rättssystem har sina rötter i civilrätt och traditionellt har sharialagar enbart gällt för troende muslimer.
Det är allvarligt att myndigheterna i Malaysia allt mer låter sig ledas av hårdföra religiösa grupper som försöker tysta dem som uttrycker åsikter som går emot deras dagordning.
